PEDİ-STEM projesiyle Kök Hücre Araştırma ve Uygulama Merkezi oluşturulmasındaki amaç ve hedefler arasında kök hücre, hücre ve gen tedavilerine yönelik temel bilim ve Ar-Ge çalışmalarının yapılması; edinilen deneyimin uygulamaya dönüştürülmesi için hücre üretimine yönelik alt yapı ve yapılanmanın hazırlanması yer almaktadır. Bunun için de uluslararası akreditasyon şartlarına uygun, iyi üretim uygulamaları (Good Manufacturing Practices/GMP) koşullarında altyapı ve işleyiş oluşturulması ve idamesi gereklidir. Bu amaçla Merkez’in fiziksel olarak ayrılmış bir bölümü vardır; bu bölümde temiz odaların inşası yapılmış, ancak henüz faaliyete geçmemiştir. Bu şekilde bir yapılanma için fiziksel koşulların sağlanması yanında donanımlı ve deneyimli ekibe sahip olunmasının kritik önemi vardır. Bu amaçla, GMP yapılanması ve işleyişinin sağlanması için, PEDİ-STEM kadrosunda, Eczacılık Fakültesi Farmasötik Biyoteknoloji Anabilim Dalı başkanlığında bir Kalite Yönetim Birimi oluşturulmuştur.  Halen yürürlükte olan Kök Hücre Bilimleri Anabilim Dalı bünyesinde doktora derslerinde kök hücre klinik uygulamalarındaki gereksinimler, etik kurallar ve işleyiş önemle vurgulanmaktadır.

Merkezin, klinik uygulama amaçlı GMP koşullarında Hücre Üretim Birimi henüz faaliyete geçmemiştir ancak Hacettepe Üniversitesi Çocuk Hastanesi Kemik İliği Transplantasyon Ünitesi ve PEDİ-STEM klinik ekibinin, deneme amaçlı veya klinik araştırma kapsamında kök hücre uygulamaları deneyimi (MKH uygulamaları), ayrıca yurt dışı merkezde kanser aşıları ve T hücre tedavileri konusund laboratuvar ve klinik uygulama deneyimi mevcuttur. Ülkemizde resmi kuruluşlar tarafından ruhsatlandırılmış olan laboratuvarlardan temin edilen MKH’ler, KİT ve PEDİ-STEM klinik ekibi tarafından kemik iliği transplantasyonu komplikasyonları, graft versus host hastalığı ve graft yetersizliğinin önlenmesi ve/veya tedavisi için halen kullanılabilmektedir. Bunun için Sağlık Bakanlığı ilgili birimlerinden izin alınması gerekmektedir.